進(jìn)入內(nèi)地的大多數(shù)蒙古人戶及被收編的金、宋降軍之家，皆以軍戶著籍；此外還有一些漢族或其他各族人戶陸續(xù)被新簽為軍戶，一般都由中戶充當(dāng)。軍戶種田，可免稅糧四頃，稱為“贍軍地”。蒙古、探馬赤軍和漢軍（金朝降軍和蒙古政權(quán)、元政府在華北簽發(fā)的軍隊）軍戶，都是通過奧魯進(jìn)行管理的。
奧魯?shù)闹饕氊?zé)，一是從軍戶中起發(fā)丁男當(dāng)軍應(yīng)役，并及時起征亡故軍人的“戶下弟男”承替軍役，彌補軍隊缺員。二是負(fù)責(zé)按時為本奧魯起發(fā)的當(dāng)役軍人置備鞍馬、器杖、盤費等軍需。蒙古、探馬赤軍的奧魯，隸屬于該奧魯當(dāng)役軍士所在的萬戶、千戶之下，漢軍奧魯由所在地區(qū)的管民官兼領(lǐng)。新附軍（南宋降軍）未設(shè)奧魯。
元代軍事防衛(wèi)分為兩大系統(tǒng)，即戍衛(wèi)京師（大都）的宿衛(wèi)系統(tǒng)和鎮(zhèn)守全國各地的鎮(zhèn)戍系統(tǒng)。宿衛(wèi)軍隊由怯薛軍和侍衛(wèi)親軍構(gòu)成。忽必烈建國后，保留了成吉思汗創(chuàng)立的四怯薛輪番入侍之制，用他們列值禁庭以充護(hù)衛(wèi)侍從，常額在萬人以上，由皇帝或親信大臣直接節(jié)制。侍衛(wèi)親軍用于環(huán)衛(wèi)京畿，到元朝末年先后置三十余衛(wèi)，衛(wèi)設(shè)都指揮使或率使，品秩與萬戶相當(dāng)（正三品），隸屬于樞密院。
進(jìn)入內(nèi)地的色目人軍隊，由于戰(zhàn)斗力較強，相當(dāng)一部分被編入侍衛(wèi)親軍。鎮(zhèn)戍諸軍的布局，腹里主要由蒙古軍和探馬赤軍戍守。華北、陜西、四川等地的蒙古、探馬赤軍由各地區(qū)的蒙古軍都萬戶府（都元帥府）統(tǒng)領(lǐng)，隸屬于樞密院。南方以蒙古軍、漢軍、新附軍相參駐戍，防御重點是臨江沿淮地區(qū)。隸屬行省的鎮(zhèn)戍諸軍，方面有警時由行樞密院統(tǒng)領(lǐng)；平時日常事務(wù)歸于行省，但調(diào)遣更防等重要軍務(wù)仍受樞密院節(jié)制。全國軍馬總數(shù)，只有皇帝和樞密院蒙古官員知道，行省兵馬也只有為首的蒙古官員知道。
三十余衛(wèi)，衛(wèi)設(shè)都指揮使或率使，隸屬于樞密院。
鎮(zhèn)戍軍，負(fù)責(zé)鎮(zhèn)守全國各地。軍隊包括蒙古軍、探馬赤軍、漢軍、新附軍等。
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